医学微生物学实验教学在复旦大学枫林校区，由四个各60平米左右的医学微生物学专用学生实验室供不同的班级轮流使用，每个实验室含可容纳30个学生使用的标准实验台，每个实验台内配备有最新的Olympus教学显微镜，另外每个实验室还另配备10台教师示教专用显微镜。实验室内除包含微生物学实验所需的清洁、消毒等设施之外，另配置有电脑、多媒体投影等现代化教学设备。为保证教学实验的顺利开展和实验室安全，在学生教学实验室旁边，还有共约100平米左右的大小两间教学专用准备实验室，实验室内配有按微生物学实验室标准所需的生物安全柜、超净台、高压灭菌器等设备。还有可以专用于细菌培养、储存培养基的大面积温室和冷库等设施。

上述教学和教学准备实验室可满足于医学微生物学实验教学的日常需要，对于实验和科研有浓厚兴趣的学生，我们提供实验教学拓展项目让他们参与，而拓展项目的开展主要由主讲教师专门指导，在相应的课题组科研实验室内开展。