“医学微生物学”课程在医学院开设由来已久，是基础医学中面向所有医学专业学生的一门经典课程，复旦大学病原生物学是国家重点建设的知名学科。在医学院微生物学系与寄生虫学系合并组建为病原生物学系以前，从1955年起，历任主任包括林飞卿教授、闻玉梅院士、钱利生教授。作为国内外著名、知名教授，他们曾经与其他教授、老师一起承担该课程的教学工作，为本课程教学和研究积累了丰富的资料和成果。随后由于部分教研人员从微生物学系分开，以科研为主要任务，组建新的科研实验室、直至成为国家卫生部/教育部医学分子病毒学重点实验室。期间“医学微生物学”课程教学主要由微生物学系承担，钱利生教授为课程负责人。成立病原生物学系后，课程负责人由程训佳主任兼任，本课程教学主要由钱利生教授、胡纯达副教授，及其指导下的年青教师来承担。近年来，为充分发挥学科优势、教学和科研相长特点，以及学科发展的必要，经病原生物学系与医学分子病毒学实验室协商、合作，由病原生物学系组织协调，组建新的教学团队，承担该课程的教学工作。虽然历经各种变化，但医学微生物学课程的教师团队一直相对稳定，并逐渐发展壮大。至今教师团队由8名高级职称教师和9名青年教师组成，理论课授课教师均具有博士学位、80%以上具有海外留学、进修经历，可谓师资力量雄厚。以现有的医学微生物课程为基础，并由目前的教师队伍为核心，另外还承担并发展了面向海外留学生的本科“医学微生物学”课程（英文班）。该英文课程被评为2012年度上海市重点示范课程，2013年复旦大学精品课程。