细菌和酵母菌的菌落
细菌和多数酵母菌是单细胞微生物。菌落中细胞间都充满毛细管水，菌落较湿润、较光滑、较透明、易挑起、菌落正反面及边缘、中央部位的颜色一致，且菌落质地较均匀等。无鞭毛不能运动的细菌其菌落外形较圆而凸起(图21)；有鞭毛能运动的细菌菌落较薄，乃至大而扁平，周缘不整齐，缺刻状直至出现迁居性的菌落(图22)。具有荚膜的细菌菌落更粘稠、光滑、透明，甚至呈透明的水珠状（图23）。有芽孢的细菌菌落呈粗糙、不透明、多皱褶等特征（图24）。细菌菌落往往有臭味，颜色多样。而酵母菌个体交大，且不能运动，故菌落一般比细菌大、厚而且透明度较差。酵母菌产生色素较为单一，通常呈矿蜡色，少数为橙红色，个别是黑色（图25）。产生假菌丝的酵母会有边缘不整齐的形态。很多酵母菌能产生醇类，有酒香味。
放线菌和霉菌的异同
放线菌和霉菌的细胞都是丝状的，菌丝之间无毛细管水，因此菌落外观呈干燥、不透明的丝状、绒毛状或皮革状等特征。由于营养菌丝伸入培养基中使菌落和培养基连接紧密，故菌丝不易被挑起。菌丝有分化，常使菌落正反面呈不同颜色。分化的程度不同，从而菌落中心和边缘颜色不一致。此外坏会产生水溶性色素等。其中放线菌菌落较小，表面呈致密的绒状或粉状，有特殊的土腥味或冰片味（图26、27）。而霉菌的菌落较大，疏松或紧密。由于气生菌丝会形成一定形状、构造和色泽的子实器官，所以菌落表面往往有肉眼可见的构造和颜色（图28、29）。
图21：沙雷氏菌Serratia sp.
图22：大肠杆菌Escherichia coli
图23：胶质芽孢杆菌Bacillus mucilaginosus
图24：枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis
图25：酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae和亚速尔红冬孢酵母Rhodosporidium azoricum
图26：链霉菌Streptomyces sp.
图27：细黄链霉菌Streptomuces microflavus
图28：黑曲霉Aspergillus niger
图29：产黄青酶Penicillium Chrysogenum
