我们目前使用的参考教材，临床八年制主要参考由人民卫生出版社出版、贾文祥主编的《医学微生物学》；临床五年制，包括基础医学等主要参考由人民卫生出版社出版、李凡和刘晶星主编的《医学微生物学》；预防和护理则利用李凡和刘晶星主编的《医学微生物学》和科学出版社出版、戚中田主编的《医学微生物学》。由于每种教材都有长处和各具特色，为适应不同专业学生的需要，我们除向学生推荐上述教材外，还向不同专业的学生推荐其它合适的补充性参考书和文献资料等。实验教学的教材主要是由我们主讲老师们自己主编、校内出版的《医学微生物学实验指导》，每两到三年修订和补充一次，目前使用版本为最新的2014年1月版。上述实验教材的编写体现了我们实践性教学的设计思想和教学改革方向，比较切合我们目前实验教学安排的实际，得到了使用者的一致好评，他们一致认为“既经济、又实用”。在教材建设方面，除上述实验指导书外，我们课程多位主讲教师也参与编写了多部教材，如科学出版社出版、戚中田主编的《医学微生物学》（2008），复旦大学出版社出版、钱利生主编《医学微生物学》（2005）等。