基因组学

《基因组学》课程教材
发布时间: 2012-02-23 访问次数: 1491

《基因组学》课程教材

 

 

 

基本信息

书名:普通高等教育十一五国家级规划教材——基因组学
作者:杨金水
出版社:高等教育出版社
ISBN
9787040214628
装帧:平装

页码:379
开本:
16
中文:简体中文

出版日期:200771
版次:第2
原价:38.00
产品标识:asinB001279920

 

内容简介

为了适应基因组学蓬勃发展的现状,及时反应基因组学领域近年来所取得的重要成果与重大进展,作者在《基因组学》(第一版)的基础上,对已有的内容进行了扩充与调整。再版仍然保持原书的结构框架,全书共分14章。第1章至第5章主要涉及基因组的结构及其测序的路线与方法。第6章至第10章着重介绍基因组的功能及其研究的策略。第11章至第14章讲述基因组的进化及其进化的机制。第一版第10染色质结构与基因表达现改为基因组表观遗传,并相应地增补了与之有关的内容。

 

编辑推荐

《普通高等教育"十一五"国家级规划教材——基因组学》可作为高等院校生命科学类高年级本科生和研究生教材,也可供从事生命科学研究的人员作为基因组学基础知识和相关研究的参考书。

 

序言

       截至2006111日,国际上已完成测序的基因组为456个,已完成和正在进行的基因组测序计划总共为2202个。由于DNA测序方法的改进,基因组测序计划的数目正在迅速地增加。与此同时,基因组注释与功能基因组的研究也呈现百花齐放的局面。基因组学的研究已深入到生命科学的各个领域,正在深刻地影响着生命科学未来的发展方向。
       为了适应基因组学蓬勃发展的现状,及时反应基因组学领域近年来所取得的重要成果与重大进展,作者在《基因组学》(第一版)的基础上,对已有的内容进行了扩充与调整。再版《基因组学》仍然保持原书的结构框架,仅将第一版第10染色质结构与基因表达改为基因组表观遗传,并相应地增补了与之有关的内容。虽然各个章节都在原有内容的基础上作了更新,但在基因组注释和基因组进化方面增添了更多的新的内容,这也是近年来基因组学研究中最令人注目的领域。

 

目录

1  基因组

  1.1  遗传的分子基础

    1.1.1  DNA的化学与生物学

    1.1.2  RNA的化学与生物学

    1.1.3  蛋白质的结构与生物学

  1.2  基因组序列复杂性

    1.2.1  C值与C值悖理

    1.2.2  序列复杂性

    1.2.3  基因组的序列组成

  1.3  基因与基因家族

    1.3.1  编码RNA基因

    1.3.2  编码蛋白质基因

    1.3.3  基因家族

    1.3.4  异常结构基因

    1.3.5  假基因

  1.4  染色体

    1.4.1  真核生物染色体

    1.4.2  原核生物染色体

  1.5  基因组

    1.5.1  人类基因组

    1.5.2  其他生物基因组

  复习思考题

  参考文献

2  遗传图绘制

  2.1  遗传图与物理图

  2.2  遗传作图标记

    2.2.1  基因标记

    2.2.2  DNA标记

  2.3  遗传作图的方法

    2.3.1  孟德尔遗传学简介

    2.3.2  连锁分析

    2.3.3  不同模式生物的连锁分析

  2.4  遗传图绘制

    2.4.1  人类遗传图

    2.4.2  水稻遗传图

  复习思考题

  参考文献

3  物理图绘制

  3.1  限制性作图

    3.1.1  限制性作图的基本方法

    3.1.2  限制性作图的局限

  3.2  基于克隆的基因组作图

    3.2.1  大分子DNA的克隆载体

    3.2.2  重叠群组建

    3.2.3  指纹作图

  3.3  染色体细胞图

    3.3.1  同位素或荧光标记探针的原位杂交

    3.3.2  原位杂交

  3.4  辐射杂种作图

    3.4.1  序列标签位点

    3.4.2  辐射杂种作图的程序与方法

  3.5  基因组整合图

    3.5.1  人类基因组整合图

    3.5.2  水稻基因组整合图

  复习思考题

  参考文献

4  基因组测序与序列组装

  4.1  DNA测序的方法

    4.1.1  链终止法

    4.1.2  化学降解法

    4.1.3  自动化测序

    4.1.4  非常规测序

  4.2  基因组测序

    4.2.1  基因组测序的策略

    4.2.2  基因组测序的覆盖面

    4.2.3  序列间隙与物理间隙

    4.2.4  插入片段的两端测序

  4.3  序列组装

    4.3.1  作图法测序与序列组装

    4.3.2  鸟枪法测序与序列组装

    4.3.3  不同测序路线与序列组装策略的比较

  4.4  基因组测序的其他路线

    4.4.1  重要区域的优先测序

    4.4.2  EST测序

    4.4.3  序列浏览

  4.5  人类基因组测序与组装

    4.5.1  人类基因组的测序策略

    4.5.2  人类基因组测序的伦理学问题

    4.5.3  人类基因组测序计划相关的重大事件

  复习思考题

  参考文献

5  基因组序列注释

  5.1  搜寻基因

    5.1.1  根据基因结构特征搜寻基因

    5.1.2  同源基因查询

    5.1.3  实验确认基因

    5.1.4  基因的命名与分类

  5.2  基因功能预测

    5.2.1  计算机预测基因功能

    5.2.2  蛋白质结构域在功能预测中的意义

    5.2.3  根据协同进化注释基因功能

  5.3  基因功能检测

    5.3.1  基因失活是基因功能分析的主要手段

    5.3.2  基因的过表达用于功能检测

  5.4  高通量基因功能的研究方法

    5.4.1  突变体库构建

    5.4.2  RNA干扰与基因功能检测

    5.4.3  蛋白质互作

  5.5  功能基因组学

    5.5.1  组学简介

    5.5.2  转录物组

    5.5.3  蛋白质组

  复习思考题

  参考文献

6  基因组解剖

  6.1  原核生物基因组解剖

    6.1.1  原核生物基因组的物理结构

    6.1.2  原核生物基因组的遗传组成

  6.2  真核生物基因组解剖

    6.2.1  真核生物核基因组

    6.2.2  真核生物细胞器基因组

  6.3  转座因子与分散重复序列

    6.3.1  DNA转座子

    6.3.2  逆转录因子与分散重复序列家族

    6.3.3  真核生物分散重复序列的比较

  6.4  串联重复序列及其分布

  6.5  人类基因组的结构与组成

    6.5.1  人类基因组编码基因

    6.5.2  人类基因组非编码基因

  6.6  拟南芥基因组编码基因

    6.6.1  蛋白质编码基因

    6.6.2  RNA编码基因

  复习思考题

  参考文献

7  基因的转录调控

  7.1  原核生物基因的转录

    7.1.1  转录起始调控

    7.1.2  转录延伸与终止调控

  7.2  真核生物基因的转录

    7.2.1  RNA聚合酶与转录因子

    7.2.2  真核生物Pol Ⅰ基因的转录起始与终止

    7.2.3  真核生物Pol Ⅱ基因的转录起始与终止

    7.2.4  真核生物Pol Ⅲ基因的转录起始与终止

    7.2.5  细胞器基因的转录

  7.3  古细菌基因的表达调控

  7.4  基因的转录调控

    7.4.1  转录调控的顺式元件

    7.4.2  转录调控的反式因子

    7.4.3  转录因子与调控序列的互作

    7.4.4  转录因子家族

  复习思考题

  参考文献

8  RNA的修饰与加工

  8.1  细胞中的RNA组分

    8.1.1  编码RNA

    8.1.2  非编码RNA

    8.1.3  前体RNA

  8.2  mRNA的修饰与加工

    8.2.1  mRNA5'加帽

    8.2.2  mRNA3'端多聚腺苷酸化

    8.2.3  前体mRNA的剪接加工

  8.3  非编码RNA的加工与修饰

    8.3.1  rRNA前体和tRNA前体的剪切加工

    8.3.2  rRNAtRNA的化学修饰与加工

    8.3.3  mRNA的编辑

    8.3.4  干扰RNA与转录后调控

  8.4  细胞中mRNA的定位与降解

    8.4.1  细胞中mRNA的分布与定位

    8.4.2  mRNA的定位机制

    8.4.3  mRNA的降解路线

  复习思考题

  参考文献

9  蛋白质的合成与加工

  9.1  蛋白质的合成

    9.1.1  tRNA与氨酰化

    9.1.2  密码子与反密码子的互作

    9.1.3  蛋白质合成中核糖体的作用

  9.2  蛋白质翻译调控

    9.2.1  翻译的起始

    9.2.2  翻译的整体调控

    9.2.3  翻译的专一性调控

  9.3  蛋白质翻译后加工

    9.3.1  蛋白质的剪切加工

    9.3.2  蛋白质折叠

    9.3.3  化学修饰

  9.4  蛋白质降解

    9.4.1  蛋白质降解标记——泛素化

    9.4.2  蛋白酶体

    9.4.3  蛋白质降解是调控细胞活性的重要环节

  复习思考题

  参考文献

10  基因组表观遗传

  10.1  什么是表观遗传

    10.1.1  表观遗传定义

    10.1.2  表观遗传现象

    10.1.3  表观遗传机制

  10.2  位置效应与表观遗传

    10.2.1  座位控制区

    10.2.2  绝缘子

    10.2.3  副突变

  10.3  DNA甲基化与表观遗传

    10.3.1  DNA甲基化

    10.3.2  甲基化与基因调控

    10.3.3  DNA甲基化与转座子沉默

    10.3.4  基因组印记

    10.3.5  甲基化组

  10.4  染色质重建与表观遗传

    10.4.1  核小体与基因表达

    10.4.2  先入模型

    10.4.3  动态模型

    10.4.4  非编码RNA与染色质结构的动态变化

  复习思考题

  参考文献

11  基因组的复制

  11.1  DNA复制的问题

    11.1.1  DNA复制的拓扑学

    11.1.2  DNA的半保守复制

    11.1.3  DNA拓扑酶及其功能

    11.1.4  DNA复制的特点

  11.2  原核生物基因组的复制

    11.2.1  原核生物DNA复制起始点

    11.2.2  复制的起始

    11.2.3  复制的延伸

    11.2.4  复制的终止

    11.2.5  古细菌基因组的复制

  11.3  真核生物核基因组的复制

    11.3.1  酵母DNA复制起始点

    11.3.2  高等真核生物DNA复制起始点

    11.3.3  真核生物DNA复制叉上的事件

    11.3.4  端粒复制

  11.4  细胞器基因组的复制

    11.4.1  线粒体基因组的复制

    11.4.2  叶绿体基因组的复制

  11.5  基因组复制的调控

    11.5.1  基因组复制与细胞的分裂

    11.5.2  细胞S期的控制

  复习思考题

  参考文献

12  基因组进化的分子基础

  12.1  突变

    12.1.1  突变的机制

    12.1.2  突变的效应

    12.1.3  超突变和程序性突变

    12.1.4  DNA修复

    12.1.5  DNA单链的非对称性进化

  12.2  重组

    12.2.1  同源重组

    12.2.2  位点专一性重组

    12.2.3  双链断裂重组模型

    12.2.4  染色体重排

  12.3  转座

    12.3.1  DNA转座

    12.3.2  逆转录转座

  复习思考题

  参考文献

13  基因组进化的模式

  13.1  遗传系统的起源

    13.1.1  RNA世界

    13.1.2  基因组的起源

    13.1.3  生命三界

  13.2  新基因的产生

    13.2.1  基因与基因组加倍

    13.2.2  外显子洗牌与蛋白质创新

    13.2.3  DNA水平转移

    13.2.4  重复基因的命运

  13.3  非编码序列的扩张

    13.3.1  真核生物基因组非编码序列的组成

    13.3.2  转座子与基因组进化

    13.3.3  内含子的起源

  13.4  比较基因组学

    13.4.1  基因组同线性

    13.4.2  基因岛和基因协同进化

    13.4.3  远缘物种中基因与调控序列的保守性

  复习思考题

  参考文献

14  基因组与生物进化

  14.1  分子系统发生学

    14.1.1  表征学和分支系统学

    14.1.2  分子系统发生学

    14.1.3  DNA系统发生树

  14.2  分子系统发生学与生物进化

    14.2.1  生命的起源

    14.2.2  人类的起源

    14.2.3  现代人的起源

  14.3  基因组与生物多样性

    14.3.1  生物多样性的遗传基础

    14.3.2  生物多样性的分子机制

    14.3.3  基因调控的进化与生物多样性

  复习思考题

  参考文献

名词解释