在钱家骅、钱乐秋、朱传琪等教授的带领下，复旦大学在系统软件和软件工程领域开展了长期的研究工作，取得了丰硕的研究成果。目前，主要研究方向包括面向可信性的系统级解决方案、多核环境下的系统软件、网络知识技术和服务、软件产品线、自适应及自适软件系统和软件维护与再工程等，学科带头人为臧斌宇教授和赵文耘教授。研究所在SOSP, OSDI, Usenix ATC, Eurosys, ISCA, Micro, ICSE, IEEE TSE, ICSR, PACT和PPOP等重要的学术会议和学术期刊上发表多篇论文。先后承担多项国家863、973、核高基、自然科学基金和省部级项目，并于2006年获得国家科技进步二等奖。