一般情况下，一个案例通过3次指导课来完成。

第一次指导课的目标是形成一种探究的气氛，当新案例给出时，学生应该确定他们需要知道哪些知识来解决这一问题，这些“需要知道的东西”就成了“学习问题(learning issues)”。学生生成的学习问题应该能够反映本案例的学习目标，然后学生就可以在课外进行以自我为主导的学习。

第二次和第三次的指导课面临的挑战是让学生把他们查阅或研究得来的信息整合到相关的案例中去，并保证对问题的理解达到一定的深度。学生需要批判性地看待讨论中呈现的信息以及获取这些信息的来源。

理想状态下，三次指导课结束时所有的学习目标都应该完成，为此PBL导师需要加以引导以调整讨论进度和步伐。最后一次指导课经常用来检查那些不明确的学习目标，同时对本小组、本案例的讨论情况进行反思和反馈。

总而言之，PBL指导课是一个理性的、有序的探究过程，是一场发散及归纳的思维风暴，当然不同的PBL导师在指导上可以有一定的风格差异。