为适应药物学科发展和我国药物研究开发战略由仿制向创新转轨的形势，培养具创新性医药科学技术专门人才，1996至1998年，由我们主持了教育部面向21世纪医药教育教学内容和课程体系改革计划项目“药物化学高层次人才培养的教学核心——药物设计”，针对药物设计的发展，认为已形成了一门完整的学科，首次冠名“药物设计学”，在全国率先开设了“药物设计学”课程，并于1999年编写了作为“面向21世纪课程教材”的国内第一本《药物设计学》教材。这一改革成果于2001年12月获国家级教学成果二等奖。2001年本课程列为药学专业必修课程，学时数为18学时。通过教学让所有药学类的学生均能了解和掌握最基础的药物设计理论和应用进展。

2002年药学院与生命科学学院联合开设了生物技术专业，被教育部认定为“国家生命科学与技术人才培养基地——生物医药点”，从校内二年级学生中择优选拔，培养创业型的生物医药人才。药物设计学被列为该专业的专业必修课。

在我校开设该课程后，国内各药学院校系纷纷开设了“药物设计”或“计算机辅助药物设计”课程，而我们主编的《药物设计学》第二版在国内的影响力较大，也是国家十一五规划教材。近年来在全国“药物设计学”课程发展迅速，已成为药学类专业量大面广的专业课程。

课程开设的10年来，我们按照药学生的培养方案和课程教学目标，不断在课程教学内容、教学方法、教学手段、学生学习效果评价方法、教材建设等方面进行探索和改革。使课程教学朝着传授新知识和培养学生综合能力的方向发展。本课程于2009年被列为复旦大学精品课程，并被列为上海市重点课程。